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Text File  |  1995-03-04  |  1.9 KB  |  45 lines
  1. ****************************
  2. * Plant thionins signature *
  3. ****************************
  4.  
  5. Thionins are small, basic, plant proteins generally toxic to animal cells [1].
  6. They seem to exert  their  toxic effect  at the level of the cell membrane but
  7. their exact  function  is  not  known. They consist of a polypeptide chain  of
  8. forty five  to  fifty amino acids with three to four internal disulfide bonds.
  9. They are found in seeds but also in the cell wall of leaves [2]. Thionins  are
  10. processed from larger precursor proteins [3]. Crambin [4], a hydrophobic plant
  11. seed protein,  also belongs to this family. The pattern we developed to detect
  12. this family  of  proteins includes three of the six cysteine residues involved
  13. in disulfide bonds.
  14.  
  15.           +-----------------------------------+
  16.           |+----------------------------+     |
  17.           ||                            |     |
  18.         xxCCxxxxxxxxxxxCxxxxxxxxxCxxxCxxCxxxxxCxxxxxxxx
  19.           **************         |
  20.                        |         |
  21.                        +---------+
  22.  
  23. 'C': conserved cysteine involved in a disulfide bond.
  24. '*': position of the pattern.
  25.  
  26. -Consensus pattern: C-C-x(5)-R-x(2)-[FY]-x(2)-C
  27.                     [The three C's are involved in disulfide bonds]
  28. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  29. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  30.  
  31. -Note: the proteins from the gamma-thionin family are not related to the above
  32.  proteins and are described in a separate section.
  33.  
  34. -Last update: June 1994 / Text revised.
  35.  
  36. [ 1] Vernon L.P., Evett G.E., Zeikus R.D., Gray W.R.
  37.      Arch. Biochem. Biophys. 238:18-29(1985).
  38. [ 2] Bohlmann H., Clausen S., Behnke S., Giese H., Hiller C.,
  39.      Reimann-Phillip U., Schrader G., Barkholt V., Apel K.
  40.      EMBO J. 7:1559-1565(1988).
  41. [ 3] Bohlmann H., Apel K.
  42.      Mol. Gen. Genet. 207:446-454(1987).
  43. [ 4] Teeter M.M., Mazer J.A., L'Italien J.J.
  44.      Biochemistry 20:5437-5443(1981).
  45.